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休藥期即最后停止給藥日至水產品作為食品上市出售的最短時間。有些藥物雖允許使用，但它在魚體內吸收、分布、轉化和消除要有一個過程，所以必須停止用藥一段時間后，魚才能食用，這就是休藥期制度。常用漁藥的休藥期如下：
敵百蟲（9%晶體）：休藥期≥10天。適用對象：鯉科魚類、鰻鱺、中華鱉、蛙類等。
漂白粉：休藥期≥5天。適用對象：鯉科魚類、中華鱉、蛙類、蟹、蝦等。
二氯異氰尿酸鈉（有效氯55%）：休藥期≥7天。適用對象：鯉科魚類、中華鱉、蛙類、蟹、蝦等。
三氯異氰尿酸（有效氯80%以上）：休藥期≥7天。適用對象：鯉科魚類、中華鱉、蛙類、蟹、蝦等。
土霉素：休藥期≥30天。適用對象：鯉科魚類、中華鱉、蛙類、蟹、蝦等。
磺胺間甲氧嘧啶及其鈉鹽：休藥期≥30天。適用對象：鯉科魚類、中華鱉、蛙類、蟹、蝦等。
胺間甲氧嘧啶及磺胺增效劑的配合劑：休藥期≥30天。適用對象：鯉科魚類、中華鱉、蛙類、蟹、蝦等。
磺胺間二甲氧嘧啶：休藥期≥42天。適用對象：虹鱒鯉科魚類、中華鱉、蛙類、蟹、蝦等。
